Το χωριό βρίσκεται 7Km βόρεια της Μυτιλήνης σε υψόμετρο 100 μέτρων. Το ονομά του προέρχεται απ' τις λέξεις "Απάνω Αλώνια" (Αφάλωνας) που υπήρχαν στην κορυφή του υψώματος. Είναι ένα απ' τα πιο παλιά χωριά του νησιού ( ίσως η ιστορία του ξεκινάει απ' τους αρχαιολογικούς χρόνους σύμφωνα με τα ευρήματα που έχουν επισημανθεί στη θέση "Καθώ" και στη Θέση "Χαλάσματα"), υπάρχει ανάμεσα στα χωριά του Μητροπολιτικού Κώδικα του 1565. Δοκιμάστηκε άσχημα απ' το σεισμό του 1867. Είναι από εκείνα τα χωριά που είχαν τις πιο μεγάλες καταστροφές, γιατί τα χαλάσματα των γκρεμισμένων σπιτιών πήραν φωτιά και μεγάλος αριθμός εγκλωβισμένων κάηκαν ζωντανοί (80 νεκροί).Αμέσως μετά πολλοί κάτοικοι φεύγουν προς τη Θάλασσα και το Μάιο του 1867 θεμελιώνεται από τους Αφαλωνιάτες ένα καινούργιο χωριό, το Νιό Χωριό, όπως ονομάστηκε τότε, η σημερινή Παναγιούδα.Το χωριό διακοσμούν ωραιότατες βρύσες (μια είναι του 1837). Δυστυχώς από τους 14 πύργους που είχε, μετά τον σεισμό του 1867 έμειναν δυο μόνο ανέπαφοι και λίγα σπίτια με σαχνισίνια.
Στην κορυφή, στο μεγάλο οροπέδιο (Επάνω Αλώνια, Αφάλωνας) ήταν το γυμνάσιο επί τουρκοκρατίας. Εδώ παλεύανε οι έφεδρες της οργάνωσης “Άτλας”. Πιο πέρα, γύρω από την Παναγία την Αρμενοπούλα υπάρχουν λείψανα μεγάλου οικισμού. Δυτικά του χωριού, γύρω από τα εξωκλήσια του Αϊ Γιώργη (θέση Πατιά) και του Αγίου Θεράποντα, υπάρχουν οικιστικά λείψανα, ενώ στην Αγία Τριάδα, σε μια επιβλητική ρεματιά, πλάι στον κόλπο της Γέρας, μαρτυριέται η ύπαρξη μοναστηριού.
Η εκκλησία του χωριού, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου, χτίστηκε το 1914 με σχέδια του γνωστού αρχιτέκτονα Α. Αδαλή, με την οικονομική στήριξη των ίδιων των κατοίκων και στη θέση που υπήρχε αρχαιότερος ναός. Ο ναός είναι "τρίκλιτος βασιλική" με βυζαντινά και γοτθικά στοιχεία. Εξαιρετικής τέχνης είναι η εικόνα της Παναγίας όπως φαίνεται απ' την τεχνοτροπία του προσώπου της. Φτιάχτηκε πριν τον 18ο αιώνα ξυλόγλυπτο τέμπλο, ο άμβωνας, ο αρχιερατικός θρόνος και το παγκάρι, είναι από τα ωραιότερα έργα ξυλογλυπτικής των αρχών του 19ου αιώνα. Στα παλαιότερα χρόνια την Τετάρτη της Διακαινησίμου (Λαμπροτετάρτη) και στις 15 Αυγούστου γινόταν μεγάλο πανηγύρι στη θέση "Τσάμια". Τα "Τσάμια" (πεύκα) φύτεψαν τα μέλη της οργάνωσης "Ατλας" που έδρασαν εναντίον των Τούρκων. Εκεί γυμνάζονταν και γι' αυτό μέχρι σήμερα διατηρεί η τοποθεσία το όνομα "Γυμναστήριο". Στη Θέση "Σπαθί", στους πρόποδες του ομώνυμου βουνού, βρίσκεται το ξωκλήσι της Αγίας Τριάδας. Τόπος ασκητικός, με άγρια ομορφιά. Η παράδοση μιλά για μοναστήρι. Κάθε χρόνο (Αγίου Πνεύματος) γίνεται εδώ μεγάλο πανηγύρι. Απ' την εποχή της Τουρκοκρατίας, γίνεται το κάψιμο του "Οβριγιού". Οι νέοι του χωριού, τοποθετούν το ομοίωμα πάνω σε ένα ψηλό πεύκο και την νύχτα της Ανάστασης βάζουν φωτιά και πυροβολούν τον Εβραίο και το πεύκο κόβοντας το σε τρία κομμάτια.
